Au terme du concordat et des articles organiques, le culte catholique connaît une importante réorganisation de son personnel.
Désormais, l’évêque nommé par le chef de l’État et institué canoniquement par le Pape a la possibilité de se faire assister de deux vicaires généraux et de nommer un chapitre cathédral composé de huit membres nommés par lui et agréé par le gouvernement. Le premier archevêché concordataire de Sens est nommé en 1817 et institué le 4 septembre 1821 ; par mandement des 1 et 2 novembre suivant, son chapitre archicathédral est rétabli.
Au niveau inférieur, les curés et les desservants sont nommés et institués canoniquement par l’évêque après information de la préfecture ; il leur est également possible d’être assistés par un vicaire. Le 10 novembre 1802, les premiers curés sont nommés à la tête des paroisses icaunaises, convoqués en la cathédrale d’Auxerre, ils prêtent serment devant le préfet le même jour.
La réglementation prévoit également que les ministres du culte sont désormais rémunérés par l’État : les traitements annuels s’échelonnent alors de 10 000 francs pour les évêques à 1200 pour les curés de seconde classe. Dans le cas des prêtres qui desservent effectivement une seconde paroisse privée de titulaire (binage), le versement d’une indemnité de 200 francs est également prévu.
Les pensions attribuées aux ex-religieux par la Constituante de 1790 sont rétablies par le Premier Consul : leur liquidation est organisée par l’administration concordataire. À compter du 30 septembre 1807, l’État octroie des secours aux prêtres et anciens religieux mais ne paie aucune pension de retraite. En application du décret du 28 juin 1853, une caisse générale pour le service des pensions ecclésiastiques est créée : les prêtres âgés d’au moins 60 ans ou infirmes et ayant exercé leur ministère depuis plus de 30 ans et dépourvus de moyens d’existence ont ainsi la possibilité d’obtenir une pension variant entre 500 et 600 francs.
Lorsque le culte catholique est rétabli dans le diocèse de Sens, le premier constat est celui du faible nombre d’ecclésiastiques en capacité d’exercer leur ministère : seuls 71 prêtres, dont la moitié a plus de 60 ans, sont encore présents ; un tiers des communes du département est dépourvu de desservant. Bien que non encore officiellement nommé, le premier archevêque de Sens s’inquiète de cette situation : dès 1819, il intervient auprès du roi pour solliciter des secours à destination du futur séminaire qui sera officiellement rétabli en 1821. Un petit séminaire est également établi à Sens à partir de 1822 dans les bâtiments de l’ancien collège ; il sera transféré à Auxerre dès 1824.
Parallèlement à une réorganisation du personnel ecclésiastique, le concordat et les articles organiques veillent à la mise en place d’une police des cultes organisée pour assurer le libre exercice des cultes, la protection des libertés, la sûreté de ses ministres et également réprimer les fautes commises par les ecclésiastiques dans leurs fonctions. Si le culte peut être célébré dans les églises, les chapelles, la voie publique et les cimetières, une permission conjointe de l’évêque et du gouvernement est nécessaire pour que l’exercice dans des maisons particulières ou dans les établissements publics ou privés soit rendu possible.
Par ailleurs, les processions et les érections de croix sont possibles sur la voie publique mais le gouvernement, par l’intermédiaire du préfet, peut les faire interdire s’il redoute des troubles ou des désordres. À compter de 1884, le maire est même chargé d’interdire les processions et toute autre manifestation extérieure du culte, à l’exception des enterrements.
Pour finir, la réglementation prévoit désormais que l’État subvienne aux besoins du culte, pourvoit aux traitements, aux pensions et au secours du Clergé ainsi qu’aux dépenses d’entretien, de réparation et de construction des édifices diocésains et paroissiaux. Les dépenses sont alors mandatées par le préfet et payées sur les fonds généraux du Trésor.
Les communes doivent quant à elles suppléer aux insuffisances des revenus des fabriques pour toutes les charges qui leur incombent ; elles sont également tenues de fournir au curé ou au desservant un presbytère ou un logement ou encore à défaut une indemnité pécuniaire.